O Sepultamento de Cristo, chamada também de A Deposição de Cristo, é uma das peças-de-altar mais admiradas de Caravaggio e foi pintada em 1603-4 para a segunda capela da direita em Santa Maria in Vallicella, uma igreja construída para o Oratório de São Filipe Néri. Atualmente uma cópia da pintura decora a capela e a original está na Pinacoteca Vaticana.

Enquanto as faces são importantes para todas as pinturas, nas obras de Caravaggio é sempre importante notar para onde os braços estão apontando. Para o céu na "Conversão no Caminho para Damasco", para Levi no "Chamado de São Mateus". Aqui, o braço caído do Deus morto e seu manto imaculado tocam as pedras; a chorosa Maria de Cleófas gesticula para o céu. Esta seria uma interpretação da mensagem de Cristo: Deus veio à terra e humanidade se reconciliou com o céu. Como sempre, mesmo em suas obras de maior devoção, Caravaggio jamais deixa de lado suas convicções. No centro está Maria Madalena, secando as lágrimas com um lenço branco, com a face encoberta pelas sombras. Segundo a tradição, a Virgem Maria é geralmente representada como eternamente jovem, mas aqui, Caravaggio a pinta como uma senhora de idade. A figura da Virgem está também parcialmente encoberta por João; podemos vê-la vestida com o hábito de uma freira e seus braços estão abertos para os lados, imitando a linha da laje de pedra sobre a qual o grupo está. Sua mão direita paira acima da cabeça de Jesus como se ela estivesse se esticando para tocá-lo. Vistas em conjunto, as três mulheres constituem três diferentes expressões complementares do sofrimento.