A obra retrata a execução de João Batista, onde próximo a ele se encontra Salomé com a bandeja de ouro que se prepara para receber a sua cabeça. Outra mulher, que foi identificada como sendo Herodias ou apenas um assistente que ali entende o erro da execução, encontra-se em estado de choque, enquanto um carcereiro comente o ato e o carrasco inflige com a sua adaga o pescoço da vítima terminando por decapitá-la.

A pintura foi encomendada como retábulo de 1608 pelos Cavaleiros de Malta. Hoje está pendurada a Co-Catedral de São João, o mesmo lugar onde foi comissionada e onde brevemente serviu como cavaleiro. A decapitação de São João Batista sofreu degradação ao longo do tempo e é severamente danificada. Nos 1950s alguns trabalhos de restauração foram feitos na pintura antes de uma exposição em Roma. Foi depois da restauração que as pessoas viram a assinatura de Caravaggio, que é assinada como f. Michelang.o. O f. indica sua fraternidade.